mkvmerge GUI - звук 01:39:32, видео 01:43:52 - какую задержку (в ms) нужно сделать, чтобы синхронизировать звук с видео?

Та беда, которую ты описываешь - рассинхронизация звука и видео из-за их различной длительности - их взаимным сдвигом не устраняется.
Надо изменять длительность того или другого.
Я бы - тем более, что у тебя, как я понял, HD-video - стал бы колдовать со звуком.
А именно:
Я пользуюсь аудиоредактором CoolEdit (различных версий - в частности, вполне нормально под ХР работает CoolEdit 2000). Он позволяет произвольно изменять темп выделенного отрезка фонограммы - в частности, задав желаемую длительность с точностью до миллисекунды.
Хуже - когда расхождение звука и видео неравномерно в течение фильма: такое бывает, если звук и видео были оцифрованы с аналогового носителя (VHS) порознь. В этом случае приходится покорпеть: я выбираю отрезок между двумя резкими звуками (например - хлопнувшая дверь, удар камушка о доску и т. п. ) и добиваюсь, чтобы эти звуки, начинающие и завершающие выбранный фрагмент, совпали точно (длительность видео и аудио между ними были строго одинаковы) - тогда и всё, что между ними, совпадёт удовлетворительно. Добившись - перехожу к следующему (по сюжету) подобному фрагменту. И так - до конца фильма.
Но, к сожалению, тут возможен вот еще какой прокол: в результате твоих титанических трудов фильм может оказаться, наоборот, напрочь испорчен. Бывает это, если у тебя не очень-то сильный комп (а какой комп применительно к твоей задаче можно считать достаточно сильным - я не знаю: у меня вообще Пентиум-3, и на нем никакое HD-video на не идёт в принципе!) , то наблюдаемые тобой проблемы могут быть обусловлены просто тем, что проц не справляется с воспроизведением видео. В этом случае - в результате правки возникнет неустранимая проблема при воспроизведении этого видео на более сильных (скажем так - "нормальных") компах. Твой же комп всё равно, не справляясь, будет терять то одни, то другие фрагменты видеоряда ( я такое наблюдал, когда пытался смотреть обычный, но весьма динамичный, фильм МПЕГ-4 на моём стареньком Celeron-366) - и, то есть, фильм не станет идеально воспроизводиться даже и на нем.

В твоей же нынешней ситуации - я бы, пожалуй, для начала просто равномерно растянул фонограмму до длительности видеоряда, добился бы хорошего совпадения в начале фильма - и посмотрел, не будет ли нормально и в конце. Очень может быть, что ничего большего и не потребуется.

Рассинхрон в 4200 ms. Дальше - думайте сами.