Как обрезать видео (Crop)? То есть нужно не обрезать по времени а обрезать картинку под нужное соотношение 9:3.

2.Кадрирование видео. Эта операция выполняется в тех случаях, когда необходимо выделить или наоборот обрезать определенную часть кадра, а также изменить размеры видео. В модуле редактирования видео, выберите раздел Кадрирование. С помощью мышки выделите ту часть изображения, которую необходимо кадрировать. Кроме этого, вы можете задавать положение кадрируемой области с помощью соответствующих опций на левой панели инструментов.
Подробно- http://video-converter.ru/effects-video.php

А зачем такое странное соотношение? Ну, да ладно, подойдёт VirtualDub, фильтр Resize или Null Transform

Любой размер на выходе.

Можно кадрировать и так дальше.

Форматы файлов видео-редактора с расширениями:

Audio formats:

mp3 wma wav flac ogg aac act/rcd/rec amr aif aifc aiff
ape asf au caf cda dct ds2 dss dvf gsm/aiff m3u
m4a m4r mid mpc mpga mp2 moh msv
pls opus ra ram raw rec rcd rm5 rmj
shn spx voc vox wv caf aifc aiff rmj shn spx wv

Video formats:

avi wmv mp4 flv mkv mov 3gp asf mod mpg mpeg
264 apng asx bik dat div divx dv flc gif m2t m2ts m4v
mjpeg mp4v vob

Foto formats:

exr jpg mtv jpeg gif tiff tif png pnm bpm jp2 psd tga
pcx wbmp ras pgf dng raf crw cr2 kdc dcr mrw nef
ocf gif swf

Файлы проектов VideoPad:
vpj

Последовательность изображений:
apng isq

Файлы субтитров:
ssa ass srt

VideoPad
nch. com.au/videopad/index.html