Как сделать мнодество видео в одном??

Миллион - это Вы загнули, это каждое видео будет в два пикселя, а при таком размере, сами понимаете, углядеть там что-нибудь невозможно. Вообще, больше пяти-шести слоев смысла не имеет, у зрителя внимания не хватит, а один-два слоя можно сделать имитацией множества экранов, но без особых деталей, это делается буквально парой-тройкой пересборок без компрессии - кривой способ, но там все равно ничего не разобрать будет, нужно только ощущение многоэкранности - так что пересборки здесь оптимальные.

...прикинь какого размера будет каждое из 1000 малюпасеньких видео...

Ты хоть представляешь чего спросил?
Допустим у тебя видео HD 1920×1080... Даже 100 наложенных видео будут разрешением 192х108... Много чего там увидишь?
Ну а технически конечно нет проблем: 100 дорожек - 100 видео (или 200 если со звуком).
В Вегасе есть еще и режим мультиэкрана

крайне муторная и требующая серьезных аппаратных ресурсов задача, миллион точно фигня и тысячи тоже, несколько десятков - есть такие проекты для Aftr Effects

Экран в экране можно сделать. 10-20 экранчиков в одном экране.
Но 1 000 000 это нонсенс.
VideoPad делает экран в экране.
Так же другие программы это делают.

В Vegas'e можно, используя тучу дорожек... Но там овер дохрена времени уйдет...

Какого же они должны быть размера? Вообще, соединить много видео в одном таким образом может ВидеоШОУ

Простой редактор видео, поддерживающий работу со слоями. В нём можно создавать видеоколлажи из множество видео, находящихся в одном кадре.

Но 1000 или больше я бы не советовала делать. Это будет слишком большой файл, да и смотреть такое будет невозможно.

Используй дорожки они есть в каждом видео редакторе (ну почти может и не везде)