Стало интересно узнать на счёт процесса создания сайтов.

нормальный процесс создания большинства сайтов:
- пишется тех. задание
- рисуется дизайн шаблона
- верстается шаблон на html js css
- шаблон накладывается на подходящий движок с использованием php
- заливается контент сайта
- переносится на хостинг с зарегистрированным доменом
- производится seo-оптимизация сайта

ненормальный процесс создания сайтов:
- верстается шаблон на первом попавшемся движке (или без него)
- при необходимости создается php-функционал
- заливается на хостинг с зарегистрированным доменом

создание сайта на отъ... ь:
- создается в adobe muse
- заливается на хостинг с зарегистрированным доменом

в 1-м случае сайт будет в топе поисковика по определенным поисковым фразам и приобретет посетителей в кротчайшие сроки
во 2-м случае сайт будут видеть только те, кому скинешь ссылку или по платной рекламе
в 3-м случае аналогично 2-му, только еще тормозить будет за счет прогрузки лишнего кода

после того, как сайт размещён в интернете, его начинают использовать для SEO и т. п.

P.S. начинать лучше с выбора цели создания сайта, его информационной структуры и используемых технологий

javascript а не java
Также используются серверные языки
Разница есть между созданными в Muse и вручную (в первом случае может генерироваться лишний код)
После верстки просто копируют на хостинг (как в папку на компьютере), домен это просто адрес сайта, как ярлык