От других представителей отряда крокодилов отличаются более широкой мордой, а их глаза расположены более дорсально (в верхней части туловища) .
Самое большое различие — в их зубах. Когда челюсти у крокодила сомкнуты, то виден большой четвёртый зуб нижней челюсти. У аллигатора же верхняя челюсть закрывает эти зубы. Также их можно отличить по форме морды: у настоящего крокодила морда острая, V-образная, у аллигатора — тупая, U-образная.
Крокодил:

Аллигатор:
