Как повлият на работодателя чтобы он не урезал зарплату?

Это бред. Они вас дурят. Программа не причем. Работодатель обязан отчитаться по ЗП перед работником. Пишите заявление в трудовую комиссию, пока не прошло 2 месяца с момента выплаты ЗП.
Но и готовьтесь к ухудшению отношений с руководством!

Все возможные удержания из зарплаты, без Вашего согласия (например у нас скидываются из з/п на дни рождения) противозаконны. Более того, даже штрафы противоречат законодательству.

Обычно компании у которых электроные пропуска оплачивают по фактически отработаному в установленный график времени. Тоесть опаздание не оплачивается обед и перекуры свыше 1 часа в совокупности тоже. Переработки либо неоплачиваются, либо оплачиваются при условии что они в двое перекрывают отсудствие на работе в установленный график.
Причем программы действительно все сама счетает, приэтом на 24 тыс. работников 6 кадровиков оказывается достаточно хорошая система воспитательная и феноминальная экономия средств на сотрудниках отдела кадров и фонде заработной платы :)

ЛОХОТРОН!! ! пусть возвращают деньги!

Вам врут. Вы имеете право знать, какие удержания с Вашей з/п. Программа сама не обманет Вас - в нее нужно циферки внести, чтобы расчеты работали. Если все законно - уверяю Вас, Вы бы получили ответы на свои вопросы. А раз молчат - Вас просто обманули. Возможно, Вас утешит - что, не Вы первый и последний в такой ситуации. Но, истина в том, что промолчав один раз - даете согласие обманывать Вас снова и снова.