Воровство в магазине! Что делать!

Если "сваравали" со взломом, то ключи ни при чем, наоборот - это отводит подозрения от тех, у кого есть ключи. А если без взлома, но ваша сверка итогов задокументирована, и главное - вы как следует закрыли магазин, то вам опасаться нечего. Если будет расследование - старайтесь помогать, чем сможете.

Подавать встречное заявление.

Ну работал неофициально, так с тебя официально ничего и не спросишь. Пусть доказывает.

Отдай ему ключ и ищи другую работу. У него нет доказательств.

Ничего не ждать, раз трудового договора нет. Спите спокойно со своими шоколадками.

Ждать надо двоих с носилками и одного с топором.

а камер там что ли нет? должны быть камеры всегда в магазинах, чтобы посмотреть запись в случае чего..

Если был виноват уже пришла бы к тебе в гости полиция

вот ты ...чудной.... без официалки это уже подстава.... рано или поздно недостачу повесят.... самому надо было выносить всё что можно...

Вопросы по ситуации:
1) Сколько времени уходит на всю инвентаризацию?
2) Начальник такую инвентаризацию делает каждое утро?
3) Он делает её один или со свидетелями?
4) Сверка итогов, которую делаете Вы - делается Вами со свидетелем? Она как-то документально фиксируется?
5) Недостача определяется по каким документам - чекам, актам...?
Поведение начальника говорит о подставе (такие случаи имеют место быть).
Вам для себя нужно составить ряд вопросов (правильных и в нужном порядке), ответы на которые сделают очевидным причастность к краже этого начальника.
А вообще - он изначально нарушил законодательство не оформив Вас. На каком основании (это начальнику вопрос) он запустил вас туда? Кто реально материально ответственный? Вы что-то подписывали? Нет. Товар принимали? Отвечаете за его сохранность? Какими документами это подтверждается?
И т. д.

Если нет доказательств, то вам мало что сделают. Тем более в магазине должны быть камеры.

Ты все сделал как полагается? Если - да, тебя просто подставили, сам начальник.