Как вечно опаздывающий сотрудник делает так, что начальник закрывает на это глаза?

Да как угодно... Начальнику может быть просто все равно. Или работник ему просто симпатичен как человек. Или работник начальнику с утра пораньше просто не нужен. Или работник в течение дня достаточно продуктивен для того, чтобы начальник мог с чистой совестью накласть на опоздания. Или работник компенсирует опоздание тем, что задерживается на работе в конце дня. Или любая комбинация всего вышеизложенного. Или что-то совсем другое...

Если он при этом выполняет свою работу качественно и в срок, то пофиг, опаздывает он или нет.

особо ценный сотрудник

умеет хорошо зад лизать

Может, у него договор устный с начальством. Нарример, приходит позже, уходит тоже позже.

Либо хорошо работает в остальное время.

Может он в силу каких - то обстоятельств не может приходить вовремя и начальник в курсе? Или может не ходит на обеды.

в рот берет

Насколько это действительно важный вопрос - опоздание? Опаздывает - значит уважает себя. Вот наш начальник составил себе расписание так, что один час времени каждый день он вообще на рабочем месте вместе с подчиненными отсутствовал - полчаса утром и полчаса в обед. Целый час в день он не видит подчиненных, а они его - полчаса! А что из того на этом фоне если его подчиненный на 5 минут опоздал?

начальство тоже надо воспитывать
если постоянно опаздывать то начальство к этому привыкает

Он в мчс устроился по блату бла бла бла