Портативные программы всегда имеют свой суверенитет по отношению к операционной системе или нет?

Портативная программа отличается от обычной тем, что не требует установки в систему.

А для чего нужна установка и что она представляет собой?

Не все программы имеют портабельную версию, многие приходится устанавливать, запуская двойным кликом л.к. мыши установочный файл, подписанный название_программы.ехе или название_программы_setup.exe, после чего производится распаковка и создание файлов, папок, ярлыков и ключей реестра, необходимых для нормальной работы софтины. Во время установки может быть предложен выбор различных опций, в зависимости от функционала и возможностей программы. По окончании установки может потребоваться перезагрузка системы (не всегда), после чего программа готова к работе.

В портативной программе ярлык добавляется так-же, как и в устанавливаемой или как-то иначе?

Нет, портативную, обычно, распаковываешь в любую удобную папку из архива, запускать непосредственно двойным кликом по файлу название_программы(англ).ехе, если это неудобно - щёлкаем п. кл. мыши, из контекстного меню выбираем "закрепить в меню "пуск"" - для запуска из меню "пуск" или "создать ярлык", перемещаем его на рабочий стол - для запуска с рабочего стола.