Каким образом взять предоплату за товар, если покупатель находится в другом регионе?

Если Вы не организация и не ИП, а физ. лицо, то тут есть несколько вариантов: перевод с карты на карту, электронный кошелек или банковский перевод и т. д.
Но в этих случаях кто-то из Вас рискует, даже если оплата будет проходить частями.
Можно взять предоплату 50%, чтоб покупатель не волновался можно сообщить ему свои персональные данные.
Если такой вариант не подходит, то отправляйте товар наложенным платежом по Почте России ценной посылкой, покупатель расплатится при получении, но тут без предоплаты.