Можно ли заниматься регистрацией ООО без присутствия в налоговой будущего генерального директора?

Конечно, можно - в противном случае не существовал бы бизнес всех этих контор, предлагающих без проблем зарегистрировать фирму.
Регистрацией может заниматься любой совершеннолетний гражданин - естественно, при наличии доверенности на совершение этих действий. Доверенность в обязательном порядке заверяется нотариусом.