Можно ли заниматься регистрацией ООО без присутствия в налоговой будущего генерального директора?

Нужно зарегистрировать ООО.
Будущий гендиректор не может ездить в налоговую для сдачи документов.
Можно ли заниматься регистрацией постороннему человеку по доверенности?

Конечно, можно - в противном случае не существовал бы бизнес всех этих контор, предлагающих без проблем зарегистрировать фирму.
Регистрацией может заниматься любой совершеннолетний гражданин - естественно, при наличии доверенности на совершение этих действий. Доверенность в обязательном порядке заверяется нотариусом.