Как правильно пишется "Да, да, именно он"? Какие знаки препинания? Желательно со ссылкой на правило.

Вы всё правильно расставили. Можно между да да поставить дефис. Это равнозначно. Согласно правилам русского языка слова да и нет, выражающие утверждение и отрицание, в составе предложения отделяются или выделяются запятой.
Да, да, не к чему, прикажи подавать лошадей (Бунин) .
Да-да, разумеется! — торопливо разрешил Сидорин (Шолохов) .
Я с этим согласен, да, да! (Островский) .
Ссылку на справочник Лопатина не дам, но можете погуглить - Лопатин Владимир Владимирович

В чем сомнения? И какое тут может быть "правило"?

Да, да, именно он.
Да-да, именно он.