Маршрут Россия-Париж-Амстердам-Вена-Прага-Берлин-Россия. Подскажите, как лучше ехать, где жить, как передвигаться

Если вы про оптимальный маршрут на машине, то есть прога AUTO ROUTE, забейте маршрут и она выдаст рекомендации по движению, экономии топлива. По пути следования вычислите населенный пункты, которые прийдутся на вечернее время. Там через интернет забронируете мотели для ночёвки.

А если не на машине, то бюджетно на электричках, но это экстрим даже в Европе.

маршрут построить по кругу, например: Россия - Берлин - Амстердам - Париж - Вена - Прага.
В Германии бывают иногда акции: 29 € за билет от одного крупного города до другого (на поезде, и на самолетах тоже, можно и на автобусе, например Париж-Штуттгарт около 40€) Если билеты заранее купите, то переночевать всегда найдется где, искать можно через боокинг.

Жилье - booking.com и hostelworld.com. хостелворлд ком
Мне кажется, или у Вас несколько хаотичен маршрут? Вы его по карте смотрели? С привязкой в дорогам и ж/д? Откройте карту, поставьте там значки на выбранные места и продумайте логистику.
А также продумайте сроки. На такой маршрут требуется около 3х недель, если Вы не хотите галоп по Европам. Причем 3 недели - это нормальный срок для опытных путешественников, а если Вы в Европе 1й раз - вообще не стоит затевать такой хаос.
Выберите лучше 2-3 страны и обстоятельно их изучите, проникнитесь ими. Иначе у Вас будут фотки с главными достопримечательностями, но с высунутым языком и полным непониманием происходящего на лице)) ) Зачем так спешить? Не последний раз в Европу едете.

А едете на чем? ) Если бы я своим ходом передвигалась, то полетела бы до Парижа. Потом на TGV до Амстердама. Оттуда опять же на поезде до Берлина. Из Берлина до Вены. Из Вены в Прагу и домой. Самый удобный и комфортный в Европе транспорт - это ЖД)