Заархивированный файл подвержен вирусам?

Да, подвержен. Есть и такая дрянь, которая только архивы и заражает.

В смысле может ли вирус повредить/заразить файл в архиве?
Не может.
Но может повредить сам архив.

при архивации добавь защиту поролем к примеру просто 1 поставь и все ничто туда не залезит я этим пользуюсь помогает