может ли вирус на компе запуститься сам? Я знаю, что вирусы могут запускаться из папки Автозагрузка или юзером.

Помимо автозапуска у вирусов есть еще возможности запуска через реестр. По этому при чистке следует в обязательном порядке вычищать оттуда все подозрительное. Есть такая утилитка UVS с ней это удобно делать, главное понимать что делаешь, там откатов не предусмотренно.

Конечно! Он может запустится, к примеру, в определенную дату.

правильно ты знаешь, ни одина прога не может без этого запуститься.
только всё дело в том, что ты не знаешь какие именно проги поражены вирусом, а если ТЫ запускаешь их САМ, то значит они безопасны, система так решает