Почему при форматировании флешки уменьшается память?

Вы имеете в виду почему на флешке 4гб например доступно 3,6гб?
Потому что производители указывают в гигабайтах десятичных (где кило=1000, мега=1000000 и т. д. ) а винда считает по всем правилам (1кб=1024байта) .

Пример флешки на 32 гб: 32 х1000х1000х1000 = 32000000000 и делим: 32000000000/1024/1024/1024=29,8 реальных ГБ .

Еще немножко (совсем немножко) откушивает разметка файловой системы (NTFS берет чуть больше) .
Та же хрень с жесткими дисками, но там в добавок еще используется часть под резервную облать (для переназначения сбойных кластеров)

потому что разный размер кластера становится... уменьшите размер класстера до 4кб и формат FAT32 и будет вам максимальный объем

Размер кластера какой ставите?

данные резервируются под таблицу
еще в древние времена все дискеты были на 2 метра, а после формата оставалось 1,44

Система всегда жрет часть места всех носителей информации для своей работы.