При расчете наличными между ИП и юрлицом, действительно, сумма не должна превышать по одному договору 100000руб.
При безналичных расчетах суммы сделок не ограничены.
Нет ограничений на приходные и расходные операции по счетам клиентов самим клиентом, есть ограничения только на безналичные переводы от юридических лиц и от имени третьих лиц на Ваш счет.
Т. е. единовременно Вы сможете снять со своего счета любую сумму, но при поступлении на ваш р/с денег в сумме превышающей 600 тыс руб, банк потребует у вас документ (договор) , подтверждающий сделку именно на ту сумму, которая Вам перечислена.
Ничего страшного в этом нет. Если все законно, отдадите копию договора и распоряжайтесь деньгами по своему усмотрению -никто этому препятствовать не будет.
Источник: Федеральный закон от 07.08.2001 г. 115-ФЗ "О противодействии легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма"