Подскажите, я выставила счет на предоплату на сумму 330000, сумма по договору 1 000 000....

нам оплатили этот счет, теперь мне надо выставить счет-фактуру (мы полностью оказали услугу) . В счете-фактуре надо теперь указывать сумму на миллион, или с минусом аванса?

При получении аванса Вы оформляете счет-фактуру на аванс полученный - 330 000 руб. , с суммы полученного аванса платите НДС в бюджет.
При отгрузке НДС ранее уплаченный в бюджет с полученного аванса Вы предъявляете к вычету из бюджета.
На полную сумму отгруженного составляете счет-фактуру и платите НДС в бюджет с суммы отгруженного товара.

выставлять на сумму договора, если услуга оказана в полном объеме, акт тоже на полную сумму
на 330000 надо было выставить сф на аванс

Счет фактура выставляется по отгрузке
Если вы услугу актом закрыли то выставляете счет фактуру на полную сумму
И ваш покупател получает право на возмещение ндс не зависимо от того оплатил он услугу полностью или частично