А сколько вообще будет стоить примерная стоимость замены водяной помпы на ваз 2109?

Смотря где, примерно до 500 рублей. Ибо в небольших городах за 1100 рублей меняют сцепление.

Дешевле, а точнее даром, заменить самому, причем делать это не сложно. Советую статью с подробным объяснением этого процесса https://manual4u.wordpress.com/car/pompa/