на материнке 1 x PCI-E 2.x x16, а видео PCI-Express x16 3.0, может быть несовместимость? и что значит версия 2.0 и 3.0?

версия PCI-e 2.0 и 3.0 обратно-совместимы. Проблем быть не должно. Просто при нагрузках на видеокарту, она будет выдавать немного меньшую производительность, чем могла бы на PCI-e 3.0

Может быть только индивидуальная несовместимость. а она бывает в 0,00001% случаев.