Я гражданин РФ, женат на гражданке Украины. Могу ли я выехать за рубеж (командировка по линии МИДа) Супруга может приехать?

Неугомонный Вы проклинатель, гы.
Если командировка, то выехать можно и нужно, иначе с работы попрут.
Супруга куда то съездить может, если ее свобода не ограничена, а также отсутствуют основания для ограничения ее выезда за границу.
PS
Задайте вопрос по-человечьи, тут ясновидящих нет, они в другом разделе, а гадать, может или нет куда-то приехать Ваша супруга, оно надо?
PPS
Как Вас таких только в МИД на работу принимают?

Действительно... детский лепет.