Письмо получили о чем? О предоставлении декларации и уплате налога на доходы физических лиц (НДФЛ) ?
Предполагаю, что новое свидетельство о праве собственности на перестроенный дом Вы получили менее 3-х лет назад, поэтому налоговая инспекция посчитала, что Вы реализовали недвижимость, находящуюся в Вашей собственности менее 3-х лет. А это влечет за собой обязанность предоставления декларации формы 3-НДФЛ до 30 апреля, исчисления и уплаты налога на доходы физических лиц.
Видимо, именно этого у Вас и требуют.
Теперь о законности данного требования.
Исходить нужно из следующего:
В соответствии с пунктом 67 Правил ведения Единого государственного реестра прав на недвижимое имущество и сделок с ним, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 18.02.1998 № 219, изменение объекта недвижимого имущества в связи с реконструкцией или перепланировкой без изменения внешних границ, не влекут за собой прекращения или перехода права на него.
Что это означает "по -русски"?
Если при реконструкции (перестройке) дома его внешние границы не изменились, то право собственности на такой дом считается возникшим в момент получения первоначального свидетельства. Для Вас то будет 2003-ий год.
Если же изменение внешних границ произошло - то право собственности считается возникшим при получении нового свидетельства.
Таким образом:
Если при перестройке дома его внешние границы не поменялись, то получение нового свидетельства ничего не изменило - право собственности возникло по первоначальной дате в 2003-ом году. Значит, Вы реализовали недвижимости, бывшую в собственности более 3-х лет, и Вам ничего не надо платить и декларацию предоставлять тоже не надо. Но придется представить в налоговую инспекцию пояснения по Вашей ситуации и доказательства того, что внешние границы дома не поменялись (какие - не подскажу, поскольку точно не знаю) .
Если при реконструкции дома его внешние границы изменились, то, увы, этот дом считается новым. Право собственности на него возникло при получении нового свидетельства и отсчитывать период владения таким домом придется именно от него. В этом случае требование о представлении декларации о продаже дома и уплате налога в размере 13 % абсолютно законно.