Имеется видео. mkv и три отдельно лежащие к нему звуковые дороги (подскажите поподробней чем вшить их в видео. mkv)

MKVToolNix http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/index.html
+ GUI к нему [ссылка заблокирована по решению администрации проекта].net/projects/mkvextractgui-2/

там есть все нужные утилиты для работы с mkv, в том числе и для добавления аудио потоков (mkvmerge).