Как лечить стоматит у кота?

Вряд ли это стоматит. Гнойники, язвы во рту у кота - один из характерных симптомов кальцивироза. Это вирусное заболевание, лечить строго у ветеринара. Болезнь серьезная.
Вы сами определили, что это стоматит, или были у ветеринара? Если диагноз поставил ветеринар, то он должен был назначить лечение.