Есть какое-то отношение емкости HDD к его надежности?

нет. брак есть у всех производителей независимо от объема

когда винты были по 8 Гб - даже не знал что такое бэд блоки. Впервые столкнулся с ними на Терабайтном WD. В общем, сейчас нет ничего надежного. Обязательно делать бэкапы на другие диски/болванки хотя бы наиболее ценных данных.

Если для системы то желательно поставить меньшую емкость чтоб обращения по разделам не было Он надежнее будет и долговечнее чем большая емкость.

Косвенно.
На надежность некоторым образом влияет не емкость, а количество пластин HDD.
Чем меньше - тем надежнее, как по мне.
Если там четыре блина, у такого винчестера больше вероятность накрыться, чем у однопластинного.
В винчестерах большего объема используется большее количество пластин.

Чудес не бывает. Чем больше плотность записи, тем большая вероятность ошибки.

Надёжность диска – не менее важный параметр, чем его объём, скорость записи и цена. Но если первые три можно прочитать на ценнике или упаковке, то выбор носителя, который прослужит верой и правдой достаточно долгий срок – задача более сложная. Также важна производительность – все же скорость работы ОС, в значительной степени зависит от дисковой подсистемы. Одним из надёжных ориентиров при выборе жесткого диска является страна-производитель – лучше всего, если это Корея, Япония или Малайзия. Однако даже самые надёжные диски ломаются, и гарантировать стопроцентную сохранность вашего носителя не может ни страна производителя, ни бренд, поэтому самая главная характеристика – надёжность конкретного диска – пользователю станет известна лишь со временем. Выбирайте с умом, эксплуатируйте их бережно и делайте бэкапы – в этом случае ваш носитель вас не разочарует.