При переходе на 6ти часовой рабочий, день идёт ли льготный стаж, весь при вредных условиях, работодатель утверждает нет.

на основании чего он это утверждает? Льготный стаж не зависит от продолжительности смен. другое дело, что у вас будет 6-дневка. 6 дней при 36-часовой неделе