Если исходить из того, что твое право на социальный налоговый вычет в сумме расходов на лечение основано на положениях ст. ст. 210, 219, 224 Налогового кодекса, а оказываемые тебе медуслуги входят в перечень, утвержденный постановлением Правительства РФ от 19.03.2001 № 201, то:
1. Ждать окончания лечения не нужно. Главное, что в налоговом периоде ты потратила деньги на свое лечение или лечение иных лиц, определенных в пп. 3 п. 1 ст. 219 Налогового кодекса.
2. Срок возврата излишне уплаченного налога в связи с предоставлением вычета - 1 месяц со дня подачи заявления (декларации) (п. 6 ст. 78 Налогового кодекса) .
3. Если лечение проходило в январе-феврале (допустим 2012 г.) , а с декларацией ты обращаешься в текущем году, то справку 2-НДФЛ ты должна взять за весь истекший 2012 г.