Почему греки под Троей не воевали "вахтовым" методом? Ахиллес говорит, что через три дня будет дома при попутном ветре .

Во-первых, говорить одно, быть дома - другое. У Одиссея на обратный путь ушло, как известно, десять лет. Так что вахтовый метод вообще стал возможен только в эпоху, когда транспорт начал ходить по расписанию, чего в Древней Элладе не наблюдалось.
Во-вторых, они и соединенными усилиями всех ахейцев не могли одолеть троянцев в течение девяти лет. Если бы часть смылась, оставшихся троянцы быстренько победили бы.
А уехать в отпуск всем вместе - какой тогда смысл в осаде? Она эффективна только тогда, когда длится непрерывно.

Где столько кораблей взять-возить их туда -сюда