Куда подать 3 НДФЛ (для возврата 13%), по месту жительства (покупки квартиры) или по прописке, в деревне у бабушки?

Можете по месту покупки квартиры (регистрация собственности) или по Вашей регистрации.

Эта декларация подается только по месту регистрации (прописки)

В налоговую по месту постоянной регистрации.