Если на ваз 2109 поставить двигатель от приоры, его можно будет оформить в гаи? И как проити ТО?

Можно. Для регистрации в ГАИ нужен договор купли-продажи двигателя, его паспорт и подтверждение, что ставили его в сервисном центре