Правда ли что если есть задолженность по транспортному налогу то авто с учета будет не снять?

Неправда. Транспортный налог, как и другие налоги, контролируют налоговые органы. ГАИ контролирует уплату штрафов. И то - другой отдел, к регистрационному отношение не имеющий. Хотя за задолженность по штрафам могут отказывать в снятии с учета. Что тоже незаконно. Можно пободаться, но проще уплатить.