почему в справку о составе семьи вписывают всех, кто в зарегистрированн в доме?

Это не так. Я жил с человеком, который фактически был моим отчимом, но по закону таковым не являлся. Мы в доме были зарегистрированы оба. В справке о составе семьи всегда писали, что я проживаю один. Ваша паспортистка ошибается просто

Вот это неправильно. а везде так...

Потому что вы вместе живете

ЖК РФ откройте, там есть ответ на ваш вопрос.