что такое внутренне сопротивление?

Сопротивление источника тока

сопротивление самого регистра, конденсатора или что там у вас

При всяком упрощенном моделирование (описании) электронных элементов учитывают основной функционал элемента.
Что бы приблизить эту идеализацию (упрощение) к реальной жизни, в первую очередь учитывают потери внутри этого элемента.
Чаще всего эти потери моделируют сопротивлением.
Например,
1) источник ЭДС дополняют последовательно включенным сопротивлением его внутренних проводников,
2) конденсатор дополняют сопротивлением обкладок и т. д.
Таким образом, при работе этих элементов учитываются потери энергии внутри элементов.