Должен ли работодатель оплатить учебный отпуск, по справке вызов, и если он пришелся на ежегодный отпуск.

Два отпуска не могут быть, или учебный, или трудовой. Если предоставляете справку, то работодатель может отозвать Вас из отпуска, но не факт.