как после армии пойти в институт не теряя год, заберут в октябре, получается и вернусь в октябре следующего года, а зачисл

А почему не подали документы в этом году? Или подали, но не прошли по конкурсу?
Подать документы сейчас можно без личного присутствия, по почте. Если пройдете и Вам об этом сообщат - покажете командиру это официальное письмо и получить отпуск для подачи оригиналов документов.
Придется также объяснить в приемной комиссии, что Вы сможете посещать занятия только с октября.
Так что лучше было подавать документы в этом году