Гражданин Белоруссии работает в России не имея регистрации по месту пребывания. Могут ли его депортировать из России?

Депортируют за границу, между Беларусью и РФ границы нет, т. е. едешь из Беларуси в Россию беспрепятственно, даже не проходя паспортный контроль, какая депортация...

нет.... рф и рб образуют союзное государство. Граждане которых пользуются всеми гражданскими правами, включая даже избирательное право на уровне органов самоуправления
Гражданин РБ может находиться в РФ сколько хочет

В соответствии с действующим Соглашением об обеспечении равных правах граждан граждане Республики Беларусь могут находиться на территории РФ без регистрации до 30 дней. В случае если белорусский гражданин намерен пребывать в РФ свыше 30 дней, он обязан зарегистрироваться либо оформить разрешение на временное либо постоянное проживание (вид на жительство) в РФ. Факт принадлежности к белорусскому гражданству является основанием для получения разрешения на постоянное проживание в РФ (вида на жительство) в упрощенном порядке, а именно без учетов сроков временного пребывания и необходимости оформления разрешения на временное проживание (статья 4 упомянутого Соглашения) . Заявления от граждан Беларуси рассматриваются в первоочередном порядке. Для урегулирования данных вопросов необходимо обращаться в территориальное подразделение Федеральной миграционной службы РФ по месту предполагаемой регистрации в РФ.

Всегда есть возможность сказать, что вчера приехал. Билет хранить никто не обязан.

Могут депортировать, и очень просто. А потом этот гражданин даже билет не сможет купить легально, везде будет бан, во всех электронных системах. Срок депортации варьируется от года до 10 лет, в зависимости от совершённого "подвига". Некоторых особо отличившихся депортируют пожизненно. Ну а если припрётся повторно - уже дадут месяц камеры, и потом опять вышвырнут, кроме того белорусским властям вручат в тёплые руки.