Надо ли указывать в налоговой декларации проданную квартиру не облагаемую налогом (стоимость до 1млн. менее 3-х л в соб)?

Обязательно.
Продажа квартиры, бывшей в собственности менее 3-х лет, как раз-то налогом облагается. Вы просто пользуетесь правом на уменьшение облагаемого дохода на сумму фиксированного вычета в размере 1 млн. руб.
В данном случае имеет место облагаемая налогом сделка с налогом 0 руб.
Необлагаемые сделки - это те, которые в доходах вообще не учитываются.

надо

Налогом ее не обложат, а декларацию подавать надо.