при установки линукс все файлы на компе уйдут а он в один раздел устанавит? у меня 2 раздела на компе

Куда направишь ...туда и пойдут ))

Отформатируется только тот раздел, в который Вы укажете. Если у вас нет специфичной для линукса ФС, то можете один из разделов забекапить, затем на его месте создать раздел с ext4, например, или любой другой нужной Вам ФС.
Это справедливо, если вы вручную указываете куда и что ставить.