Можно ли использовать материнский капитал в программе молодая семья, т. е использовать как недостающие средства?

На мой взгляд, да.
Обратитесь в ПФ за консультацией, можно через их сайт.
http://www.pfrf.ru/family_capital/

А кто запрещает? У вас ипотека, вы можете направить маткпитал на ее погашение

главное чтоб на всех доли были в новой кв