Заполняется ли нулевая декларация при продаже квартиры, которая была в праве собственности более трех лет

нет

Физлицо вправе не декларировать доход, полученный от продажи квартиры, которая находилась в его собственности более трех лет.

Нет. И уже года два-три, как нет.
Такие сделки полностью выведены из-под обложения налогом на доходы физических лиц.
Если других доходов, которые нужно отразить в декларации, не было, то и отражать не облагаемую сделку и сдавать декларацию не надо (пункт 4 статьи 229 Налогового кодекса)