Увы, таковы реалии. Есть ответственность налоговая и есть ответственность административная. Практически все нарушения, за которые предусмотрены санкции в НК РФ, продублированы в КоАП РФ. Разница в том, что в соответствии с НК наказывается налогоплательщик, а в соответствии с КоАП - конкретное должностное лицо.
Однако, это действует только, если у Вас юр. лицо. Если же Вы - ИП, то административная ответственность за такие косяки не предусмотрена.
ни кто не может быть осужден дважды за одно и тоже деяние! Это одна из статей конституции, точно не помню № статьи, во 2 главе ищите.
Напишите письмо в оба ведомства, заплатите в одно из них. В письме ссылаетесь на то что уже заплатили, и на ст. конституции. (Если порыться примерно тоже есть в налоговом кодексе, где то в начале кодекса, про принципы налогообложения) попросите "палачей" самих урегулировать между собой чьи это деньги.
А прокуратура тут причем?