Возник вопрос. Декан факультета имеет право ставить зачет по дисциплине, которую в принципе он преподает?

Если вы имеете ввиду - не преподает, то возможно. Например возможна ситуация, когда студент не хочет сдавать предмет своему преподавателю, в этом случае он пишет заявление в деканате и сдает зав. кафедрой. Раз такое возможно, то может и декану можно. Это Устав смотрите. В принципе, лучше не связываться с этим, никогда не докажешь что прав студент, они все перевернут и виноватым оставят.