Можно ли продать дом построенный по программе как молодому специалисту? Дом разделен на три доли: мне, мужу и дочери.

Если получены свидетельства о праве собственности, то можете. Вы же собственники.
Но имейте ввиду:

Постановление Правительства РФ от 3 декабря 2002 г. N 858
"О федеральной целевой программе "Социальное развитие села до 2013 года"

Федеральная целевая программа
"Социальное развитие села до 2013 года"

Приложение N 16
к федеральной целевой программе
"Социальное развитие села до 2013 года"

Правила
предоставления и распределения субсидий из федерального бюджета бюджетам субъектов Российской Федерации на улучшение жилищных условий граждан, проживающих в сельской местности, в том числе молодых семей и молодых специалистов

Приложение N 1
к Правилам предоставления и распределения субсидий
из федерального бюджета бюджетам субъектов
Российской Федерации на улучшение жилищных условий граждан,
проживающих в сельской местности, в том числе
молодых семей и молодых специалистов

Типовое положение
о предоставлении социальных выплат на строительство (приобретение) жилья гражданам, проживающим в сельской местности, в том числе молодым семьям и молодым специалистам

31. В случае предоставления молодой семье (молодому специалисту) социальной выплаты орган исполнительной власти (орган местного самоуправления - в случае перечисления субсидий в бюджет соответствующего муниципального образования) , член молодой семьи (молодой специалист) и работодатель заключают трехсторонний договор об обеспечении жильем молодой семьи (молодого специалиста) с использованием на эти цели социальной выплаты. Существенными условиями указанного договора являются:
а) обязательство члена молодой семьи (молодого специалиста) работать у работодателя по трудовому договору не менее 5 лет с даты выдачи свидетельства;
б) право органа исполнительной власти (органа местного самоуправления) истребовать в судебном порядке от члена молодой семьи (молодого специалиста) средства в размере предоставленной социальной выплаты в случае расторжения трудового договора до истечения установленного срока по инициативе молодого специалиста (члена молодой семьи - если другой член молодой семьи не работает в сельской местности) в соответствии со статьей 80 Трудового кодекса Российской Федерации или по инициативе работодателя по предусмотренным статьей 81 Трудового кодекса Российской Федерации основаниям, связанным с нарушением членом молодой семьи (молодым специалистом) положений трудового законодательства.