как сделать так, чтобы ссылки например из скайпа открывались в гугл хроме, а не в эксплорер?

сделать Хром браузером по умолчанию

поставить хром браузером по умолчанию

Если, например, Хром выставлен у тебя браузером по умолчанию, а программа какая-то всё равно открывает ссылки в IE - то ничего тут поделать нельзя - это (вызов IE) зашито в программном коде этой программы.