есть ли противоречие между характером петровских преобразований и методами проведения реформ?...

У нас документы по Пугачёвской войне до сир пор под грифим секретно, а о тех временах только по художественному произведению Толстого знаем.
А что там было на самом деле, Чётр его знает.