Закрыли ООО. Уставной капитал распределили по учредителям, с него берется НДФЛ?

НДФЛ берется с дивидендов - 9%. Если дивидендов нет, а только размер УК, то им в ИФНС надо будет подтвердить размер первоначального взноса, то что они его внесли.
Если он такой же, то ндфл не будет. Если дивиденды выплачены сверх того, что в УК написано (непропорционально вложению) то 13% с переплаты.
Вносили взнос в УК - сделайте копии этих документов для них:
выписки банка, РКО, акт приема имущества, оценка и т. д.
Лучше позвонить в налоговую и узнать какие подтверждающие документы будут в вашем случае.