трудовое соглашение. для каких случаев заключается трудовое соглашение и какими налогами облагается отплата по нему ?

нет в законодательстве такого понятия "трудовое соглашение". как бы этот документ не обозвали - это всё равно трудовой договор со всеми вытекающими последствиями.
по трудовому договору (соглашению) выплачивается зарплата. с этой зарплаты удерживается 13% НДФЛ, а страховые взносы в ПФ и ФСС работодатель уплачивает из своих средств.