имеет ли права сотрудник ГАИ осматревать багажник авто, при каких обстоятельствах???

При каких сочтет нужным. 150 аргументов он тебе приведет так, не задумываясь. Открыл-показал-закрыл- поехал дальше

Читайте Административный Регламент ГИБДД.

это уже досмотр! В присутствии двух понятых с составлением протокола досмотра.

Имеет, если ты ему не нравишься.

Только после составления протокола досмотра, и в присутствии двух понятый.

Уточнить у него - осмотр или досмотр. Если осмотр - только снаружи. Если досмотр - пусть ищет двух понятых - это прописано в регламенте и они обязаны его соблюдать.