Открыл ИП, жена будит торговать вещами в Маг. , какой договор лучше (выгодней) составить, в Нал. сказали без него не как?

Договор кого с кем? Вас и жены? Ну да, если официально оформлять работу жены "под Вашим ИП", то нужно составлять трудовой договор с минимальной зп по региону, но при этом Вам придется встать на учет в ФСС и ПФ как работодателю и платить все налоги (порядка 43,2% от суммы оклада) .
Или какой-то другой договор Вы имели в виду?
И при чем тут "в налоговой сказали"? Вы их не спрашивайте (они там часто и сами много чего не знают или путают, там же тоже люди) , Вы законы изучайте!