Снимаю программу с автозапуска через msconfig, а она опять запускается при входе в виндовс. Что делать?

сменить прокладку между монитором и стулом возможно поможет:))))

А в самой "Автозагрузке" случайно ничего нет?
Если нет - лечись - где-в boor вирусняк пролез

Вероятно, ее прописывает (запускает) другая программа или служба. Например, так поступает программа USB-модема в отношении модуля своего обновления. Проще всего (и надежнее! ) запретить запуск конкретного модуля с помощью системной политики. Как это сделать смотрите, к примеру, здесь.